На место строителя заступил иеромонах Виктор (Василий Григорьевич Алексеев). Он родился в 1743 году в семье священника церкви Иоакима и Анны в г. Можайске, окончил курс духовной семинарии, 19 января 1771 года поступил в Златоустов монастырь послушником. В 1772 году он перевелся в Крестовоздвиженский монастырь, где исполнял послушание псаломщика и был пострижен 8 мая 1774 года. 22 июня 1774 года о. Виктора рукоположили в сан иеродиакона. 14 сентября 1779 года московский архиепископ Платон рукоположил его в сан иеромонаха. О. Виктора хотели сделать ризничим Крестовоздвиженского монастыря, но тут освободилась должность строителя Екатерининской пустыни, и 24 сентября того же года вышел указ о его назначении туда строителем.
Иеромонах Виктор управлял обителью до июня 1780 года, после чего вернулся в Крестовоздвиженский монастырь на должность казначея. Однако спустя три года он на этой должности уже не числился из-за пристрастия к алкоголю. В мае 1783 года игумен Крестовоздвиженского монастыря Ириней жаловался в Духовную Консисторию, что иеромонах Виктор, несмотря на неоднократные увещевания и наказания, уходит из монастыря без ведома настоятеля, выпивает с подозрительными лицами, часто служит в нетрезвом виде или с похмелья. Последней каплей, переполнившей чашу терпения настоятеля, была жалоба генерала Ивана Ануфриевича Брылкина, в домовой церкви которого служили поочередно иеромонахи Крестовоздвиженского монастыря. Генерал был возмущен тем, что о. Виктор являлся в церковь нетрезвым и, кроме того, присваивал и пропивал деньги, передаваемые в монастырь разными людьми на поминовение. Почему такое произошло с прежде, казалось, вполне достойным монахом, успешно начавшим духовную карьеру? Думается, как и многие другие иноки при отсутствии мудрого духовного окормления, он не выдержал ограничений, наложенных монашескими обетами, и строгой дисциплины обители, расслабился и впал в грех пьянства.
Игумен Ириней просил перевести Виктора в отдаленный монастырь. Архиепископ Платон принял иное решение: 24 мая наложил резолюцию о том, чтобы о. Виктора запретить в служении, жалования и других денег ему не давать, занять трудами и послушаниями монастырскими. 19 декабря 1783 года иеромонах Виктор просил в честь праздника проявить к нему милость, разрешить в служении и выдать жалование. Особенно тяжелым наказанием стало для него именно запрещение священнодействовать. Накануне Рождества Христова он умолял разрешить ему служить на великий праздник. В Крестовоздвиженский монастырь был назначен тогда новый настоятель, игумен Гедеон, и дело оставили на его усмотрение. 19 февраля 1784 года Гедеон докладывал, что иеромонах Виктор стал вести себя добропорядочно, больше не пил, из обители не отлучался. 2 марта 1784 года ему разрешили служить и выдать жалование с оговоркой, чтобы он оставался под надзором настоятеля. Больше никаких архивных дел с иеромонахом Виктором не связано. Видимо, серьезных нарушений устава он не допускал, но ответственных должностей ему уже не доверяли.
В оскудевшую материально и духовно Екатерининскую пустынь 19 июля 1780 года назначили строителем опытного иеромонаха Авксентия, более 20 лет подвизавшегося в Троице-Сергиевой лавре. Он родился в 1725 году в Суздальской епархии, в семье священника села Лучинское Юрьевского уезда, служил диаконом в этой церкви, овдовев, поступил послушником в Троице-Сергиеву лавру, где был пострижен в феврале 1759 года. В сан иеродиакона его возвели в 1762 году, в сан иеромонаха – в 1766 году в Петербурге. После рукоположения иеромонах Авксентий вернулся в Троице-Сергиеву лавру. 23 июля 1780 года он прибыл в Екатерининскую пустынь, где старался по мере возможности наладить дела, поправить ветхости, несмотря на скудость средств. Необходимую ему книгу доходов и расходов, пропавшую при отрешенном от должности строителе-иеромонахе Иринархе, он так и не получил, хотя по этому поводу было устроено целое расследование. Взамен выдали новую книгу. В начале 1784 года о. Авксентий приехал в Николо-Угрешский монастырь на богомолье и там скоропостижно скончался на 59-м году жизни, о чем угрешский игумен Варнава рапортовал начальству 2 февраля 1784 года. Иеромонах Авксентий был похоронен на Угреше. В феврале-марте 1784 года пустынью временно управлял угрешский иеромонах Тихон.
Возрождение обители св. Екатерины произошло благодаря подвижнической деятельности игумена Мелхиседека. Он родился в 1738 году в семье дьячка и был наречен Михаилом. От брака имел дочь. Овдовев, поступил в 1760-х годах в Николо-Перервинский монастырь, принял постриг в 1774 году, в сан иеромонаха был возведен в 1775 году. В Перервинском монастыре о. Мелхиседек исправлял должности ризничего и казначея и с 1777 года служил также в Иверской часовне у Воскресенских ворот на Красной площади в Москве. О. Мелхиседек, известный своим старчеством, окормлял мирян из разных сословий, пользовался глубоким уважением и поддержкой митрополита Московского Платона (Левшина), от которого не раз получал поощрения за свое служение. Назначен настоятелем Екатерининской пустыни о. Мелхиседек был 30 марта 1784 г. в должности строителя, затем посвящен в сан игумена. Под его мудрым и рачительным правлением обитель была обновлена и благоустроена на пожертвования его духовных детей: возведена церковь во имя апостолов Петра и Павла, перестроен Екатерининский собор, построены два братских корпуса, каменная ограда с башнями, надвратная церковь с колокольней.
Игумен Мелхиседек продолжал свое старческое служение в отношении мирской паствы, за что неоднократно приходилось ему терпеть несправедливое наказания по клеветническим доносам завистливого протоиерея Петра Алексеева, настоятеля Архангельского собора в Кремле. В 1802 году о. Мелхиседек был назначен настоятелем Серпуховского Высоцкого монастыря, возведен в сан архимандрита 1 июня 1802 года. Этот находившийся в духовном и материальном упадке монастырь старец привел в цветущее состояние. С 1802 года под его управлением был также Серпуховской Владычный монастырь, в 1806 году преобразованный в женский. Милая сердцу архимандрита Мелхиседека Екатерининская пустынь находилась под его «присмотром и распоряжением» с 1803 по 1809 год, настоятели должны были во всем с ним советоваться. Скончался старец 5 октября 1813 года и был по завещанию погребен в Екатерининской пустыни.
Еще во время правления о. Мелхиседека в обитель по распоряжению Московского митрополита Платона от 15 июня 1801 года был определен иеромонах Герасим из Вознесенской Давидовой пустыни с целью устроить в обители общежитие. При этом Герасим должен был действовать только с согласия настоятеля о. Мелхиседека до его перевода на более высокую должность. Иеромонах Герасим стал строителем пустыни после назначения о. Мелхиседека настоятелем Высоцкого монастыря и управлял с июня 1802 года до конца 1806 года. Ввести общежительный устав ему так и не удалось, по всей видимости, потому что пустынь оставалась заштатной, и денежных средств на содержание братии в условиях общежития не доставало. С другой стороны, в духовном плане перейти на общежительный устав тоже было непросто, ибо это в корне меняло уклад иноческой жизни. При строителе Герасиме в 1804 году епископом Дмитровским Августином был освящен престол во имя святителя Николая Чудотворца, что в надвратной церкви с колокольней. Уволен иеромонах Герасим был по собственному заявлению в связи с болезнью. Решением МДК от 24 января 1807 года по прошению его перевели в Чудов монастырь, где он стал духовником братии. В документах этого монастыря иеромонах Герасим упоминается, по крайней мере, до 1809 года. Интересно, что его годовое жалование составляло 33 рубля 38 копеек. Герасим был духовником не только чудовских насельников. В 1808 году он исповедовал перед посвящением в сан иеродиакона монаха Екатерининской пустыни Варсонофия , чудовского постриженника. В ведомости о монашествующих и бельцах Чудова монастыря за 1815 год о. Герасим уже не числился.
Новым строителем Екатерининской пустыни стал иеромонах Досифей (Голенищев-Кутузов). Он родился в 1748 году в дворянской семье, хотя и нетитулованной, но весьма известной. Выйдя в отставку с военной службы в чине секунд-майора, он 24 декабря 1792 года поступил послушником в Екатерининскую пустынь, был пострижен 21 ноября 1806 года, возведен в сан иеродиакона 6 декабря 1806 года и вскоре в сан иеромонаха. О. Досифей был назначен настоятелем Екатерининской пустыни 3 января 1807 года и управлял ею до октября 1809 года. Его увольнение было связано с серьезной болезнью – обострением старых ран в ногу и голову, полученных при боевых действиях. Положение было столь серьезным, что он написал духовное завещание, по которому в наследство Екатерининской пустыни предназначалось 2000 рублей, положенные в Сохранную казну, чтобы начисляемые на них 5% годовых (100 руб.) шли в пользу братии. По собственному прошению о. Досифей был переведен в Троице-Сергиеву лавру. Духовная атмосфера лавры и молитвы у мощей прп. Сергия Радонежского оказались для него целительными. Через два года здоровье Досифея настолько поправилось, что указом от 28 июля 1811 года он был назначен настоятелем Дмитровского Борисоглебского монастыря и 20 августа возведен в сан архимандрита. Этой старейшей на Руси обителью, основанной, по преданию, великим князем Юрием Долгоруким, архимандрит Досифей управлял 5 лет. 20 июня 1816 года он был переведен на покой в Златоустов монастырь, где скончался 2 июня 1819 года .
