В братской усыпальнице покоятся останки насельников и мирян, похороненных в прошлом на территории обители.
В 2004 году здесь, на каменном постаменте в виде символической голгофы, установлен большой поминальный крест. Надпись на плите черного гранита гласит:
«Этот камень установлен в память:
— о тех, кто томился в Сухановской политической тюрьме; — о всех жертвах политических репрессий; — о всех жертвах трагедий XX века.Помолитесь о невинно пострадавших.»
По благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия в обители ежедневно возносятся молитвы и читается неусыпная псалтирь за всех невинно пострадавших в стенах Свято-Екатерининской пустыни в годы репрессий.
Могила старца схииеродиакона Антония (Семенова)
Старец Антоний (в иночестве Алексий) родился в 1913 году и прожил долгую жизнь, наполненную тяжкими страданиями и беззаветным служением Господу. В 1937 году он был репрессирован, подвергся страшным истязаниям в тюрьмах и лагерях ГУЛАГа. В 1939 году в результате казни на самодельном электрическом стуле батюшка ослеп. Чудом избежав расстрела, он многие годы странствовал по России.
После войны старец подвизался в Таганроге, Ростове-на-Дону, Гатчине, Ленинграде, в последние годы жизни — в подмосковном городе Жуковском, везде окормлял множество духовных чад. Господь наградил его даром прозорливости. Многие предсказания батюшки сбывались, по его молитвам люди обретали исцеление.
Великим постом 1994 года старец принял схиму. В декабре 1994 года схииеродиакон Антоний скончался в г. Жуковском и был похоронен в Свято-Екатерининском мужском монастыре по благословлению Митрополита Крутитского и Коломенского Ювеналия.