Совершенно иначе поступал преемник Варсонофия — строитель-иеромонах, а позднее игумен Арсений. 26 ноября 1870 года в пустыни не ночевал упомянутый выше иеродиакон Ефрем, присланный на исправление из Николо-Угрешского монастыря. О. Арсений на следующее утро послал работника Ивана Терентьева, который объехал на лошади окрестные села и нашел беглеца. Однако Ефрем в пустынь возвращаться отказался, еще два дня пьянствовал и явился только к поздней литургии 29 ноября . О происшествии о. Арсений в тот же день сообщил благочинному общежительных монастырей архимандриту Пимену. Это была не первая и не последняя отлучка пьяницы-иеродиакона из монастыря. В архивном деле имеется больше десятка докладных записок о нетрезвом поведении Ефрема. Намучился с ним игумен Арсений, но всякий раз приказывал разыскивать «невозвращенца» по деревенским трактирам, чтобы не сгинул во грехе .
Игумен Арсений (Лука Егоров) родился в 1807 году в семье московских мещан, получил домашнее образование, 18 июля 1849 года поступил послушником в Свято-Екатерининскую пустынь, где исполнял должность эконома. Пострижен он был 27 октября 1855 года, рукоположен в иеродиакона 25 декабря 1855 года, в иеромонаха – 13 ноября 1856 года. Исполняющим обязанности казначея о. Арсения назначили 24 июля 1865 года, утвердили в этой должности 18 июля 1869 года. После увольнения строителя-иеромонаха Варсонофия о. Арсений 6 ноября 1870 года был избран братией кандидатом на должность строителя и назначен настоятелем Свято-Екатерининской пустыни указом Московской Духовной Консистории от 13 ноября 1870 года. Возведен в сан игумена он был 6 июня 1882 года. По свидетельству архимандрита Пимена, при о. Арсении пустынь содержалась в чистоте и порядке, богослужения отправлялись очень строго, пение на службе было весьма благолепное. Находясь в 1872 году на отдыхе и лечении в Екатерининской пустыни, архимандрит Пимен любил подолгу беседовать с настоятелем. При о. Арсении в 1888 году была обновлена и заново освящена Петропавловская церковь, хозяйство приведено в образцовый порядок, доходы возросли до 6000 рублей серебром в год.
Вот как в 1882 году характеризовал о. Арсения духовный писатель Д.Д. Благово: «Ныне настоятелем пустыни является почтенный, благочестивый и глубоко смиренный старец, замечательно воздержанной и строгой жизни, игумен Арсений, более 30 лет там находящийся и достойный всякого уважения, к сожалению, преклонный летами и слабый силами».
За свое безупречное служение игумен Арсений имел несколько наград: набедренник (17 января 1871 года), наперсный крест (8 апреля 1873 года), Знак Красного Креста за благотворительные пожертвования во время войны 1877-1878 годов, палица (28 августа 1888 года). Управлял обителью он до ухода на покой 18 января 1891 года из-за слабости зрения и старческой немощи. Ему была назначена пенсия 20 рублей в месяц. В декабре 1891 года у старца из келии украли акции на сумму 7700 рублей. Ущерба от кражи не было, потому что прежние акции аннулировали и вместо них выдали новые. Указом Консистории инокам запретили хранить ценности в келиях и велели сдавать их в ризницу. Скончался игумен Арсений глубоким старцем в феврале 1894 года и был похоронен в Екатерининской пустыни.
Примечательна судьба следующего настоятеля Екатерининской пустыни – строителя иеромонаха Стефана. Его мирское имя — Александр Алексеевич Зварыгин. Он родился в г. Муроме в 1829 году в семье почетных граждан, поступил послушником в Екатерининскую пустынь 24 ноября 1866 года, был посвящен в стихарь 4 марта 1867 года, пострижен 4 июня 1867 года, рукоположен в сан иеродиакона 13 августа 1867 года. О. Стефан хотел посвятить себя миссионерской деятельности. Откликнувшись на призыв митрополита Иннокентия и благочинного общежительных монастырей архимандрита Пимена служить в отдаленных епархиях, о. Стефан 28 декабря 1870 года по собственному желанию был направлен в Якутскую епархию. Прибыв на место, он 8 февраля 1871 года поступил в Спасский монастырь. Там 10 ноября 1871 года он был посвящен в сан иеромонаха. С 18 марта 1871 года о. Стефан исполнял в Спасском монастыре должность казначея, но 10 октября 1876 года по собственному прошению был от этих обязанностей освобожден и 22 декабря 1876 года командирован служить священником в Сионской приходской церкви. 9 февраля 1877 года он был награжден набедренником.
В Спасский монастырь о. Стефан вернулся 24 сентября 1878 года. 6 сентября 1879 года он был назначен исполняющим обязанности эконома Архиерейского дома и казначея монастыря, утвержден в этих должностях 4 августа 1880 года. За ревностное служение 20 апреля 1880 года иеромонах Стефан был награжден наперсным крестом. Имел он также Знак Красного Креста за пожертвования в войну 1877-1878 годов. 19 декабря 1884 года он возвратился в Свято-Екатерининскую пустынь после 14-летнего служения в Якутской епархии.
Когда уволился на покой игумен Арсений, братия избрала о. Стефана кандидатом на должность строителя. Это решение утверждено указом МДК от 11 апреля 1891 года. При о. Стефане осуществлялась перестройка и обновление Екатерининского собора. Скончался он в августе 1893 года в возрасте около 64 лет и был похоронен в Екатерининской пустыни. С сентября по декабрь 1893 года пустынью временно управлял казначей иеромонах Порфирий.
Настоятелем обители 17 декабря 1893 года стал игумен Вассиан (Василий Назарович Смирнов). Он родился в 1837 году в крестьянской семье, обучался в народном училище, поступил в братство Николо-Угрешского монастыря 30 мая 1867 года, был пострижен 19 декабря 1870 года, возведен в сан иеродиакона 5 мая 1871 года. О. Вассиана назначили ризничим 10 июня 1876 года, возвели в сан иеромонаха 14 ноября 1876 года. После кончины архимандрита Пимена (Мясникова) с 18 августа по 20 ноября 1880 года о. Вассиан управлял Николо-Угрешским монастырем. Братским духовником он стал 19 марта 1886 года, 12 ноября того же года его наградили набедренником. Казначеем Николо-Угрешского монастыря Вассиана утвердили 25 августа 1893 года. С 15 сентября 1893 года он также был духовником Крестовоздвиженского Иерусалимского женского монастыря, что в Подольском уезде.
За усердное служение в Николо-Угрешском монастыре и Екатерининской пустыни 6 мая 1895 года иеромонах Вассиан был награжден наперсным крестом. При нем была завершена внутренняя отделка Екатерининского собора, и в 1894 году обновленный храм был освящен угрешским архимандритом Валентином , благочинным общежительных монастырей Московской епархии. Впоследствии собор, как и надвратная церковь, были заново расписаны. В 1896 году была отремонтирована часовня у южных врат монастыря. В 1897 году на попечение строителя в пустынь присылали малолетних преступников на исправление .
Значительные пожертвования на благоустройство пустыни в этот период делал купец Василий Степанович Галушкин. По представлению о. Вассиана в 1895 году он был награжден серебряной медалью на Станиславской ленте для ношения на груди.
6 мая 1899 года о. Вассиан был возведен в сан игумена. Он настоятельствовал в Екатерининской пустыни до своей кончины весной 1902 года. После его смерти некоторое время управлял пустынью казначей иеромонах Виссарион .
Трагически сложилась судьба следующего настоятеля — игумена Мартирия, который, как и Вассиан, был угрешским постриженником. Его мирское имя было Александр Михайлов. Он родился в 1847 году в семье мещан, проживал в Николо-Угрешском монастыре с 4 мая 1868 года, был принят в число братии 11 апреля 1872 года, пострижен 18 марта 1878 года, рукоположен в иеродиакона 21 декабря 1878 года, в иеромонаха – 26 ноября 1881 года. С 25 августа 1893 года Мартирий исполнял должность ризничего, а с 31 января 1894 года – казначея Угрешской обители. На Угреше он получил две церковные награды: набедренник (9 августа 1892 года) и наперсный крест (9 мая 1897 года). В 1896 году он удостоился серебряной медали на Александровской ленте в память почившего императора Александра III.
20 мая 1902 года о. Мартирия назначили настоятелем Свято-Екатерининской пустыни и 9 июня того же года возвели в сан игумена. При Мартирии в 1903-1906 годах казначеем Екатерининской пустыни был иеромонах Евстратий (Евгений Тихонов), происходивший из крестьянской семьи и поступивший в Николо-Угрешский монастырь в 1886 году. Пострижен он был на Угреше в 1895 году, спустя три года возведен в сан иеродиакона, а в 1903 году – в сан иеромонаха. Уволен от должности он был из-за слабого здоровья по собственному прошению в сентябре 1906 года , а казначеем стал постриженник пустыни иеромонах Серафим .
Жизнь обители шла своим чередом, несмотря на революционные потрясения 1905 года. В исходящем журнале пустыни помимо текущей переписки по хозяйственным и административным делам значатся сообщения о сборе пожертвований в помощь раненым на Русско-Японской войне.
Трагедия случилась позже, когда пустынь готовилась отпраздновать 250-летие. Утром 13 сентября 1908 года игумен Мартирий был убит из револьвера эсерами-«максами» при попытке ограбления. Дерзкими нападениями и грабежами боевики пополняли свои партийные кассы. Убийцы не нашли в его келье ничего ценного и скрылись, бросив в монастырской гостинице свои паспорта.
Грабить у Мартирия было действительно нечего. Согласно сохранившейся описи имущества , в его личной келье числились такие вещи: образ Спасителя в металлической ризе с лампадкой, 3 ломберных столика, один раскладной дубовый стол, простой диван (на нем он, видимо, спал), 18 венских стульев, часы настенные в футляре, лампа настенная. На стене висели портреты: императора Николая II, основателя пустыни царя Алексея Михайловича, митрополитов Московских Платона, Филарета, Иннокентия, Иоанникия и Владимира. Спустя два месяца у станции Лосиноостровская на одной из дач произошла перестрелка между сотрудниками охранного отделения и каким-то анархистом. Раненый и загнанный в угол молодой человек застрелился. У него нашли документы на имя подозреваемого в убийстве Мартирия бывшего послушника Лавра Ремизова. Опросив свидетелей, полицейские вышли на след его сообщников Сидоркина и Харламова, которые вскоре были задержаны и осуждены.
Похоронили игумена Мартирия в Екатерининской пустыни, установив беломраморное надгробие, которое сохранилось до наших дней, хотя в советское время кладбище было практически уничтожено. Надпись, высеченная на надгробии, гласит: «Под сим камнем покоится прах игумена Мартирия. Род. в Москве 28 июня 1840 года. 15-ти лет поступил в Николо-Угрешский монастырь. 38 лет прожил там, назначен настоятелем Екатерининской пустыни. Управлял 6 лет и 3 месяца. Убиен в 9 часов утра 13 сентября 1908 года» . После смерти Мартирия несколько месяцев пустынью управлял пустынью иеромонах Серафим.
На место убиенного игумена Мартирия был назначен иеромонах Высоцкого монастыря Пантелеимон (Петр Пушкевич). Он родился в 1854 году в крестьянской семье, образование получил в Холмской школе причетников. 11 ноября 1876 года Петр был призван на военную службу, с которой демобилизован в 1880 году. 28 марта 1886 года он поступил послушником в Серпуховской Высоцкий монастырь. Там он был пострижен 18 декабря 1888 года, посвящен в сан иеродиакона 26 июня 1889 года, в сан иеромонаха – 9 июня 1890 года. Исполнял обязанности казначея этой обители о. Пантелеимон с 10 сентября 1891 года, а утвержден в должности был 19 апреля 1893 года. В 1896 году он в течение пяти месяцев после смерти архимандрита Высоцкого монастыря Иннокентия управлял обителью до назначения нового настоятеля . 26 января 1904 года иеромонах Пантелеимон был назначен законоучителем в церковно-приходскую школу при монастыре, в также исправлял помимо казначейских обязанностей чередное служение и клиросное пение. Он имел следующие награды: набедренник (11.10.1897); золотой наперсный крест за отлично-усердное исполнение обязанностей (6.05.1905), серебряную медаль на Аннинской ленте в память императора Александра III.
7 января 1909 года иеромонаха Пантелеимона назначили настоятелем Екатерининской пустыни и 30 января возвели в сан игумена. К сожалению, он оказался слаб здоровьем и уже 14 июня 1909 года подал прошение об отставке, где писал, что его назначение не было согласовано с настоятелем Высоцкого монастыря архимандритом Тихоном, что на новую должность он пошел как на трудное послушание, но болезнь его настолько усилилась, что требовалась постоянная медицинская помощь, и не было сил исполнять обязанности настоятеля. К заявлению была приложена справка от врача, который находил у игумена Пантелеимона «сильное нервное переутомление и крайнее худосочие». Указ об его увольнении был подписан 12 октября 1909 года.
Не дожидаясь приезда нового настоятеля, о. Пантелеимон уехал в Высоцкий монастырь, где провел последние годы жизни. В ведомости Высоцкого монастыря за 1911 год значится, что игумен Пантелеимон исполнял чередное служение и клиросное пение. Он получил еще одну награду: Серебряную медаль на двойной Владимиро-Александровской ленте в память 25-летия восстановления церковной школы при Высоцком монастыре. В ведомости этого монастыря за 1914 год о. Пантелеимон уже не числился.
После увольнения игумена Пантелеимона братия не выбрала из своей среды претендента на должность настоятеля, положив это «на волю Божью». Тогда по предложению архимандрита Давидовой пустыни Валентина, благочинного общежительных монастырей, консисторией была рассмотрена кандидатура угрешского иеромонаха Феогноста и вопрос решен положительно.
