Имена первых настоятелей дворцовой Екатерининской пустыни, основанной в 1658 году царем Алексеем Михайловичем Романовым, история не сохранила. Известно только, что при государе Федоре Алексеевиче отпускались из казны средства на содержание 30 человек братии. Первое дошедшее до наших дней имя настоятеля, иеромонаха Варлаама, упоминается в документах 1690 года.
Вплоть до 1740-х годов сведения о настоятелях отрывочны, но далее «завеса времен» приоткрывается: в архивах и библиотеках удалось отыскать много интересного о судьбах тех, кто управлял пустынью, кто подвизался в ней, о связанных с ее насельниками примечательных событиях. Из истории Вознесенской Давидовой пустыни известно, например, что в 1740-1744 годах ею управлял иеромонах Иосиф, переведенный из Екатерининской пустыни. Это лишний раз подтверждает, что судьбы подмосковных обителей и их настоятелей тесно переплетены между собой.
С 1743 года в Екатерининской пустыни настоятельствовал строитель-иеромонах Сергий (в мире Савва). Сам он в прошении, направленном в Московскую Духовную Консисторию утверждал, что управлял «беспорочно», однако летом 1748 года его отрешили от должности, вероятно, за растрату и перевели под надзор в Николо-Угрешский монастырь с запрещением в служении. Его имущество было арестовано и находилось в Екатерининской пустыни.
По прошению иеромонаха Сергия это имущество в августе 1748 года было отдано его дочерям Матроне и Фекле с соблюдением предосторожностей, дабы не взяли они себе чего лишнего. Надо сказать, что «состояние» их отца было довольно скромным: две изрядно поношенные шубы, оловянная посуда, богослужебные книги, четыре иконы с двумя серебряными венцами и всякие хозяйственные мелочи.
После иеромонаха Сергия пустынью временно управлял монах Александр, который был казначеем с 1747 года. 25 мая 1750 года он подал прошение об освобождении его от должности из-за слабого здоровья и о назначении казначеем монаха Иоанна, который был «поведения доброго, честного, ни в каком подозрении не состоял» . Прошение удовлетворили 6 июня 1750 года. Вероятно, тогда Иоанн был рясофорным монахом: из прошения строителя Никанора от 7 сентября 1753 года известно, что при постриге ему было наречено имя Иоанникий. 10 сентября 1750 года Иоанникий был утвержден казначеем с назначением ему денежного содержания . В то время настоятеля в пустыни не было, братия состояла из 5 монахов и двух белых священников.
Иоанникий управлял монастырем несколько месяцев, потом его сменил поступивший в пустынь иеромонах Питирим, имя которого впервые упоминается в деле, датируемым 6 марта 1751 года. Однако уже 29 апреля 1751 года исполняющим должность настоятеля значится иеромонах Митрофан, а 2 декабря 1751 года – снова иеромонах Питирим .
Следующим строителем пустыни стал иеромонах Никанор, назначенный на эту должность в 1752 году (не позднее июня) по просьбе казначея Иоанникия с братией. Ранее о. Никанор подвизался в Златоустовом монастыре. Пребывание его в Екатерининской пустыни ничем замечательным не было отмечено. 1 марта 1754 года он подал прошение в консисторию об освобождении его от должности по причине старости и дряхлости и о назначении вместо него иеромонаха Нектария из Чудова монастыря. Указом от 6 марта 1754 года о. Никанор был переведен на покой в Новоспасский монастырь .
Назначенный на должность строителя 3 марта 1754 года иеромонах Нектарий, к сожалению, управлял обителью недолго и скончался в том же 1754 году. «За старшего» снова остался иеромонах Питирим, который 22 ноября 1854 года подал прошение о назначении строителем пустыни иеродиакона Филиппа из Златоустовского монастыря с возведением его в сан иеромонаха. Препятствий к этому вначале не было найдено: Филипп (в мире Федор) родился в Петербурге в семье смотрителя Итальянского дома Матфея Родионова, обучался после смерти отца у золотых дел мастера Ильи Иванова с 1840 года, в марте 1843 года поступил в Златоустов монастырь, где вскоре был пострижен, а в 1847 году рукоположен в сан иеродиакона. Поведения он был благонравного, служил добросовестно, но благословение на его назначение настоятелем Екатерининской пустыни Московский митрополит Афанасий не дал, поскольку выяснилось, что Филипп дважды (в детстве и в 1740-х годах) перенес «горячку», во время которой «впадал в безумство», бредил. Перенесенная тяжелая болезни стала одной из причин ухода его от мира в юном возрасте . Однако болезнь его впоследствии бесследно прошла, и о. Филиппа назначили казначеем и хранителем патриарших ризниц Успенского и Архангельского соборов Кремля, а в 1772 году произвели в игумены Крестовоздвиженского монастыря. В 1775 году он стал игуменом Златоустовского монастыря, где полагал начало своей монашеской карьеры .
Поскольку о. Филлип в 1755 году настоятелем Екатерининской пустыни так и не стал, 23 марта иеромонах Питирим снова подал в Консисторию доношение, в котором просил назначить строителем иеромонаха Нифонта. Просьба была удовлетворена 12 апреля 1755 года.
Строитель-иеромонах Нифонт (Никита Михайлов) родился в 1699 году, служил священником в московской церкви Дионисия Ареопагита в приделе Казанской Богоматери. Овдовел он в 1748 году, в апреле 1752 года поступил в Златоустов монастырь, где был пострижен 11 июня 1753 года архимандритом Лаврентием, настоятелем монастыря. Екатерининской пустынью о. Нифонт управлял четыре года. 25 сентября 1759 года он подал в консисторию прошение об увольнении в связи с тяжелой болезнью и о назначении вместо него иеромонаха Пахомия из Данилова монастыря. Просьба эта была удовлетворена уже после его кончины, последовавшей 3 января 1760 года.
