В 1809 году иеромонах Николо-Пешношского монастыря Дорофей по распоряжению митрополита Платона в течение сентября осматривал Екатерининскую пустынь и составил рапорт, в котором сравнивал ее с Николо-Пешношским монастырем, находившемся вдали от селений и содержавшемся в основном на доходы от угодий. Екатерининская пустынь сельскохозяйственных земель почти не имела, располагалась невдалеке от селений. Монашествующие были вынуждены часто общаться с мирскими людьми, отправлять требы, но доходов от богомольцев все равно было недостаточно. Дорофей предлагал поощрять жалованием тех, кто служит тщательно и не платить нерадивым. По резолюции митрополита Платона на этом рапорте, 11 октября 1809 года иеромонах Дорофей был назначен настоятелем Екатерининской пустыни.
Строитель-иеромонах Дорофей родился в 1771 году в семье мещан в г. Руза, в 1791 году поступил в Николо-Пешношский монастырь послушником, был пострижен 5 января 1796 года, возведен в сан иеродиакона 22 октября 1796 года, в сан иеромонаха – 24 января 1798 года. Он исправлял должность казначея, а с 1806 года стал фактически наместником Николо-Пешношского монастыря, настоятелем которого остался архимандрит Макарий (Брюшков), переведенный в Дмитровский Борисоглебский монастырь. Когда в 1781 году о. Макарий пришел в Николо-Пешношский монастырь на должность казначея, там даже стены были ветхими. Настоятельствовал он на Пешноше с 1788 года и привел эту обитель в такое цветущее состояние, что митрополит Платон называл ее «второй лаврой». 24 ученика архимандрита Макария стали настоятелями монастырей. Среди них был и екатерининский строитель Дорофей.
Митрополит Платон в своем указе особо отмечал, что целью о. Дорофея является введение в Екатерининской пустыни общежительного устава по образу Николо-Пешношского монастыря, перешедшего на такой устав с 1780-х годов. 10 мая 1810 года был утвержден новый штат пустыни: вместо 1 строителя и 6 монахов теперь можно было иметь 1 строителя, 4 иеромонахов и 2-х иеродиаконов. В пустыни было введено общежитие. Для пополнения братии о. Дорофей приглашал монашествующих из других монастырей. Вместе с ним был переведен из Пешношского монастыря иеромонах Иаков, исправлявший должность казначея (см. ниже). Вскоре перешли в обитель иеродиакон Иоаким из Высокопетровского монастыря, иеромонах Иосиф из Дмитровского Борисоглебского монастыря, иеромонах Варлаам из Николо-Берлюковской пустыни и другие. Численность братии пустыни увеличилась вдвое и в 1812 году составляла 16 человек.
1812 году о. Дорофей по указанию преосвященного Августина, епископа Дмитровского, собрал все ценности и святыни обители и отправил их обозом в Суздаль. В конце 1812 года все было возвращено в целости. Хозяйничавшие в обители французы нанесли небольшой урон: содрали серебряные клейма с оклада единственного оставленного для богослужений Евангелия, перевели 19 голов рогатого скота, а также значительную часть запасов муки, круп, картофеля и сена. Здания и все остальное имущество не пострадали.
Судя по сохранившимся документам, о. Дорофей пользовался большим уважением начальства и любовью вверенной ему братии. По указу МДК в сентябре 1813 года он освятил новую каменную церковь во имя Казанской Богоматери, построенную в селе Ирининском, принадлежавшем А.А. Орловой-Чесменской. При настоятеле Дорофее в пустынь особенно часто присылали на епитимью провинившихся священнослужителей и мирян, совершивших преступления, за которые не предусматривалось уголовное наказание. Например, священник Николай Фокин в начале 1816 года попал в пустынь за неявку к месту назначения в 36-й егерский полк и растрату выданных на дорогу денег. Он был запрещен в служении, но в пустыни вел себя весьма добропорядочно, и по ходатайству о. Дорофея в октябре 1816 года запрет был снят. В феврале 1815 года в пустынь попал мещанский сын Василий Ефимов за развратные действия в отношении 5-летней девочки Марфы, дочки своего знакомого. На него была наложена строгая епитимья: черные работы, пост, молитва, отлучение от причастия, кроме смертного случая. По донесениям о. Дорофея, Василий вел себя в пустыни тихо и добропорядочно. Среди отбывавших подобное наказание был Степан Абрамов, непреднамеренно убивший односельчанина, и 13-летний подросток Спиридон Емельянов, нечаянно задавивший на лошади 7-летнего мальчика. Чаще всего монахи попадали в пустынь за нетрезвость и рукоприкладство, иногда за побеги и мелкое воровство. Нелегко было увещевать оступившихся людей, пробудить в них искреннее покаяние. О. Дорофею приходилось исполнять много подобных поручений.
К глубокой скорби братии строитель-иеромонах Дорофей скончался 1 декабря 1822 года в Москве в больнице графини А.А. Орловой-Чесменской. Похоронили его в Екатерининской пустыни.
Сподвижником о. Дорофея и двух его преемников был казначей иеромонах Иаков, известный своим старческим служением. Он родился в 1773 году в Рузе в семье мещан, 18 июня 1796 года поступил в Николо-Пешношский монастырь, выполнял клиросное послушание. Пострижен он был 18 апреля 1799 года, посвящен в иеродиакона 23 августа 1799 года, в иеромонаха – 28 апреля 1801 года. 11 октября 1809 года о. Иаков перешел в Екатерининскую пустынь вместе с о. Дорофеем. Несмотря на казначейские обязанности, требующие больших забот и общения с миром, он не оставлял духовного делания, проводя ночи в молитве, чтении Священного писания и святоотеческих трудов. Он с любовью принимал на беседу и наставление не только иноков обители, но и многочисленных мирян, приезжавших к нему отовсюду за окормлением. Преставился старец Иаков в 1841 или 1842 году в возрасте 68-69 лет.
Постриженником о. Дорофея был архимандрит Венедикт (Василий Семенович Филлипов), настоятель Николо-Берлюковской пустыни. Он родился в Москве 9 марта 1794 года в семье дьякона Спасской церкви. Обладая прекрасным почерком, с 1808 года юноша служил в канцелярии Межевого департамента. Однако мирская жизнь не привлекала его, и в мае 1811 года он поступил в Екатерининскую пустынь, где был пострижен в 1814 году, в 1815 году посвящен в сан иеродиакона, в 1817 – в сан иеромонаха. После 15 лет пребывания в Екатерининской пустыни о. Венедикт по распоряжению Московского архиепископа Филарета (Дроздова) был переведен в Чудов монастырь, а затем стал строителем Махринской пустыни, которой управлял до 1827 года, когда его назначили экономом Сухаревского подворья Троице-Сергиевой лавры. В начале июня 1829 года вышел указ о назначении о. Венедикта экономом самой лавры, но он от этой должности отказывался, просясь назад в Екатерининскую пустынь, где освободилось место строителя. Однако прозорливый архиепископ Филарет (Дроздов), будущий митрополит, напомнил ему о том, что послушание – главное достоинство монаха, и назначил строителем Николо-Берлюковской пустыни. Благодаря подвижнической деятельности о. Венедикта, эта обитель отстроилась и приобрела широкую известность. При нем был возведен соборный храм Христа Спасителя (1835-1842), надвратная церковь Василия Великого (1840), шатровая церковь Всех святых (1853), два двухэтажных братских корпуса (1830-1839), каменная ограда (1840), просфорня и кладбищенская церковь Казанской Богоматери. В 1840 году о. Венедикт был возведен в сан игумена, в 1853 году — в сан архимандрита. Скоропостижно скончался он 1 июня 1855 года. Другим постриженником о. Дорофея был иеромонах Нифонт (Николай Дмитриевич Флоров). Родился он в Рузе в 1786 году в семье мещан. Овдовев, поступил в число братии Екатерининской пустыни 13 апреля 1814 года, выполнял послушание псаломщика. Пострижен был о. Нифонт 14 декабря 1818 года, в 1820 году рукоположен в сан иеродиакона, 29 января 1821 года – в сан иеромонаха. Иеромонах Нифонт отличался необыкновенной простотой, кротостью и смирением, на богослужения всегда приходил первым, всякое послушание исполнял с любовью, проводил время в постоянной молитве. Будучи в высшей степени нестяжательным, он никогда не запирал свою скромную келью, не боясь воров. Скончался старец в 1868 году в возрасте 82 лет.
Третий постриженник о. Дорофея, иеромонах Сергий, был казначеем Саввино-Сторожевского монастыря. Родился он в 1785 году в семье государственных крестьян, поступил послушником в Екатерининскую пустынь 31 июля 1811 года, был пострижен 7 ноября 1815 года, посвящен в сан иеродиакона 2 ноября 1816 года, в сан иеромонаха – 4 февраля 1818 года. 29 января 1820 года о. Сергий перевелся в Саввино-Сторожевский монастырь, где с 1822 года исправлял казначейскую должность.
Следующий строитель Екатерининской пустыни иеромонах Назарий (Николай Иванович Бордоносов) родился в 1778 году в семье серпуховских купцов. Начало монашеского служения он полагал в Белобережной пустыни Орловской епархии. Его учителем был известный оптинский старец Леонид (Наголкин), ранее управлявший Белобережной пустынью. В 1807 г. о. Назарий перешел в Коломенский Бобренево-Голутвин монастырь , приписанный к Старо-Голутвину монастырю, выполнял там пономарское послушание. Пострижен и посвящен в иеродиакона он был в 1811 году, в сан иеромонаха – в 1814 году. Перед назначением в Екатерининскую пустынь о. Назарий управлял Бобреневым монастырем. С 28 февраля 1823 года по 1829 год он был строителем Екатерининской пустыни и одновременно благочинным Звенигородского Борисоглебского Аносина женского монастыря. По свидетельству угрешского архимандрита Пимена (Мясникова), о. Назарий строго соблюдал монашеские правила, богослужебные каноны, неусыпно окормлял братию . В 1829 году он был переведен настоятелем в Старо-Голутвин Богоявленский монастырь, которым управлял до 1854 года в сане игумена, т.е. четверть века. Правил он, по словам архимандрита Пимена, мудро, но когда телесные силы его начали ослабевать, то и вверенная ему обитель стала приходить в упадок. После того, как о. Назария парализовало, он три года жил в этой обители на покое, скончался в 1857 году и был там похоронен.
Сроителем Екатерининской пустыни 12 июня 1829 года был определен иеромонах Мелхиседек. Он родился 1785 г. в Коломне в купеческой семье, в 1811 г. поступил в Коломенский Бобренево-Голутвин монастырь, где выполнял клиросное послушание. Постригли его в 1816 году, посвятили в сан иеродиакона в 1814 году, в сан иеромонаха – в 1819 году. В 1823-1829 гг. он управлял Бобреневым монастырем. По воспоминаниям архимандрита Пимена , о. Мелхиседек был довольно полным человеком красивой наружности. Екатерининская пустынь при нем содержалась в порядке и тогда казалась несравненно благоустроеннее Николо-Угрешского монастыря. В 1837 году Московский митрополит Филарет (Дроздов) освятил поновленный Екатерининский собор. По словам архимандрита Пимена, о. Мелхиседек часто посещал Угрешу, находясь в дружеских отношениях с игуменом Иларием . О характере и духовной жизни о. Мелхиседека говорит такой эпизод. Как-то зимой о. Иларий и о. Мелхиседек беседовали в настоятельской гостиной на Угреше. Вошел молодой послушник, принес дрова и, постеснявшись помолиться при постороннем, стал молча класть их в печь. О. Мелхиседек спросил его: «Давно ли ты, раб Божий, живешь в монастыре?». Тот отвечал: «Я начало полагал в Оптиной пустыни и жил там около трех лет». «Как у вас старцы учат, например, печь топить с молитвой или без молитвы?», — продолжал вопросы о. Мелхиседек. Келейник смутился и стал просить прощения. Игумен Иларий был благодарен за такое увещевание келейника. При о. Мелхиседеке численность братии была в полтора-два раза больше положенной по штату: в мае 1832 года штатная численность братии обители была увеличена на 7 послушников. Фактически при о. Мелхиседеке братия была в полтора-два раза больше: 23-28 человек вместо 14. Одной из причин такого превышения являлась традиционная ссылка в пустынь иноков, совершивших различные проступки. Некоторые из них были запрещены в служении. В 1836-1840 гг. здесь проживал бывший угрешский игумен Аарон, отрешенный от должности в 1833 году за пьянство и пренебрежение обязанностями настоятеля. Угрешскую обитель он привел в такое плачевное состояние, что она была близка к упразднению. В Екатерининской пустыни Аарон вел себя довольно тихо: строитель-иеромонах Мелхиседек докладывал в Консисторию, что ни в чем предосудительном бывший угрешский игумен не был замечен. Однако своей привычке надолго отлучаться из монастыря о. Аарон не изменил. Во время одной из таких отлучек он и скончался в 1840 году в возрасте 63 лет.
С 1837 года в пустыни проживали: священник Федор Лыков, наказанный за то, что выгнал дочь из дома, и бывший настоятель Вознесенской Давидовой пустыни иеромонах Геннадий, отрешенный от должности за ненадлежащее исполнение обязанностей и допущение в монастырь подозрительных лиц. Находился он в пустыни до конца 1840-х годов. Здесь доживали свой век престарелые иноки других монастырей: с 1829 года иеромонах Иоанникий, бывший строитель Николо-Берлюковской пустыни, с 1837 года – иеромонах Иоаким, больничный Николо-Пешношского монастыря.
Место упокоения игумена Мелхисидека
О. Мелхиседек управлял Екатерининской пустынью до 1842 года, когда был уволен по собственному прошению на покой из-за болезни: его разбил паралич. Скончался в Екатерининской пустыни в 1849 году в возрасте 64 лет.
