Августа 7, года 1771 строителем пустыни был назначен иеромонах Иринарх. Он родился в 1727 году в семье диакона, был пострижен в 1756 году в Чудовом монастыре, посвящен в сан иеродиакона 3 марта 1762 года. В 1868-1769 годах уже в сане иеромонаха Иринарх исполнял послушания ризничего и казначея Чудова монастыря. В 1769 году за нерадение, небрежность и выпивку он неоднократно получал порицание от эконома Архиерейского дома иеромонаха Амвросия. От этих должностей о. Иринарх был отставлен, с него взыскан начет в размере 308 рублей 91 копейки, немедленно им погашенный. Распоряжением от 19 мая 1770 года Иринарха простили, а спустя год доверили управлять Екатерининской пустынью.
Ко времени его вступления в должность здания Екатерининской пустыни находились в целом в неплохом состоянии, как это следует из подробной описи, направленной о. Иринархом в Консисторию 16 мая 1772 года. Каменная Екатерининская церковь с двумя пределами во имя прп. Сергия Радонежского и свт. Дмитрия Ростовского, крытая тесом, была увенчана одной главой с железным крестом, местами вызолоченным. Освещали храм 18 окон с решетками. Над приделом прп. Сергия Радонежского была глава с железным крестом. Пятиярусный иконостас был покрашен зеленой краской, резьба на нем и царские врата вызолочены. Образ вмч. Екатерины имел серебряную ризу чеканной работы с позолоченным венцом и короной, усыпанной яхонтами, изумрудами и жемчугом. Икона находилась в резном иконостасе, по периметру которого были клейма с изображениями страданий св. Екатерины. На иконе имелось множество привесов, среди которых деревянный крест с серебряной оправе с мощами великомученицы, несколько серебряных крестов, перстней и колец, бусы, серьги, монеты достоинство от 5 копеек до 10 рублей. Над иконой висела большая лампада красной меди с бисерной кистью и малая лампада белой меди. Занавесь была из голубой тафты. В алтаре находилась еще одна икона святой Екатерины, шитая золотом, с унизанными жемчугом венцом и короной. Библиотека храма насчитывала 27 богослужебных книг и 4 напрестольных Евангелия. В описи также значится 45 комплектов облачений, треть из которых были ветхими. Одноярусные иконостасы в приделах были также выкрашены зеленой краской, рамы и панели вызолочены. Освящало храм большое медное трехъярусное паникадило и два двухъярусных паникадила в приделах. Обитель окружала каменная ограда высотой 4 аршина (около 2,8 м) и длиной 70 саженей (всего около 140 метров, что говорит о малой территории пустыни).
Колокольня над Святыми вратами была выкрашена желтой краской, глава ее и железный крест местами позолочены. На колокольне имелись часы с боем и 7 колоколов, самый большой из которых весил 72 пуда. Каменные врата на противоположной стороне были увенчаны маленьким железным крестом. Все было во вполне исправном состоянии, лишь главы церквей и кресты нуждались в новой позолоте.
За период правления Иринарха пустынь пришла в упадок не только материальный, но и духовный. Участились самовольные отлучки, случаи пьянства и даже воровства насельников. Судя по сохранившимся документам, строитель не ладил с монашествующими, которые сочиняли на него доносы. Например, в сентябре 1776 года жалобу написали иеромонах Сильвестр, обиженный наложенным на него штрафом, и казначей иеромонах Герасим. Жалобщики утверждали, что Иринарх поступающие средства тратит неизвестно на что, не выделяя из них денег на содержание братии. В то время в монастыре общей трапезы не было, каждый насельник готовил себе сам. Проверявший жалобу архимандрит Спасо-Андроньева монастыря Симон серьезных нарушений не нашел, поскольку все траты и поступления были записаны в доходы и расходы. По его рекомендации указано было устроить общую трапезу для братии, а учет вести отдельно по денежным средствам и хлебному жалованию, чтобы монашествующие знали, на что тратятся поступившие деньги. На инициатора неподтвержденного доноса монаха Сильвестра была наложена епитимья. У иеромонаха Герасима, переведенного в ноябре 1775 года из Крестовоздвиженского монастыря, видимо, отношения с Иринархом были неприязненными, и он подавал в июле 1777 года прошение о переходе в Николо-Угрешский монастырь, но настоятель не отпустил его, ссылаясь на то, что некому служить в храмах пустыни. В 1778 году строитель Иринарх получил выговор за то, что не все пожертвования были записаны в книгу.
5 марта 1779 года священник Дмитрий Иванов, диакон Кирилл Ильин и монах Алексий жаловались на удержание у них жалования и хлебного дохода строителем Иринархом. Доносители утверждали, будто Иринарх ссыпал зерно, предназначенное для братии, в собственную кладовую, не разделял пожертвования между членами братии. По этой жалобе 13 марта было учинено следствие , строитель был отстранен от должности и переведен в Московский Знаменский монастырь. На его место назначили иеромонаха этой обители Петра, который зарекомендовал себя как честный и надежный человек. Прошнурованную книгу доходов и расходов, выданную в 1776 году, о. Иринарх иеромонаху Петру не передал, мотивируя это тем, что якобы послал ее для отчета в Консисторию. В ходе тщательной проверки и перекрестных опросов доносителей, насельников и благотворителей монастыря справедливость конкретных претензий жалобщиков не была подтверждена, и они понесли суровую епитимью. Однако было выявлено несколько серьезных нарушений. Так, строитель Иринарх вместо двух павших лошадей купил новых за счет средств, предназначенных на исправление ветхостей, никого не поставив в известность об этом. Деньги, полученные за требы, он раздавал взаймы, не разделяя их между членами братии. Купец Степан Калинин пожаловал в пустынь 20 аршин сукна стоимостью 8 рублей. Иринарх это сукно удержал у себя, не поделившись с братией. Жалование иеромонаха Алипия, переведенного в другой монастырь, за время его пребывания в пустыни строитель так и не выдал. Кроме того, Иринарх не разделил деньги, уплаченные капитаншей Спасителевой (15 рублей) и госпожой Скаврониной (10 рублей) за соборное служение литургий. Указом от 16 июня 1781 года иеромонах Иринарх был признан «неисправным», навсегда оставлен в Знаменском монастыре с запрещением давать ему ответственные послушания. Денежный начет на него составил 31 рубль 7 копеек в пользу пострадавших от его действий. Будучи нечист на руку по мелочам, значительного имущества он не нажил, тратя небольшие полученные доходы на помощь родственникам, и удовлетворить начет сразу не мог, поэтому было решено из его жалования удерживать половину в счет покрытия долга. За период с июня 1781 по сентябрь 1783 года с виновника удержали 18 рублей 25 копеек, из чего следует, что его жалование составляло около 17 рублей в год. В Знаменском монастыре о. Иринарх вел себя тихо и добропорядочно.
Когда строитель-иеромонах Петр приступил к управлению Екатерининской пустынью, в ней подвизался всего один монах Алексий, бывший казначей Давидовой пустыни, переведенный сюда под надзор за нарушения, два послушника, вдовый диакон Кирилл, впоследствии лишенный сана за пьянство, и два престарелых вдовых священника. Обиженные прежним настоятелем иеромонахи Сильвестр и Герасим, видимо, добились перевода в другие монастыри. К сожалению, серьезная болезнь не позволила о. Петру поправить положение. За период своего управления пустынью с мая по сентябрь 1779 года он не успел детально вникнуть в дела обители, не проявил настойчивости и так и не стребовал с Иринарха прошнурованную книгу доходов и расходов. Иеромонах Петр был освобожден от обязанностей настоятеля по состоянию здоровья и переведен в Николо-Перервинский монастырь, где скончался 2 апреля 1781 года.
