Его преемник строитель-иеромонах Пахомий (Петр Иванов) до принятия монашества был священником в домовой церкви графа Гаврилы Ивановича Головина. По собственному прошению его постригли в 1757 году в Новоспасском монастыре в Москве, в феврале 1758 года он перешел в Данилов монастырь, где исправлял должность казначея. Однако из-за того, что документы на его переход в Данилов монастырь не были должным образом оформлены, дело о его назначении в Екатерининскую пустынь длилось несколько месяцев. Были запрошены характеристики, в которых значилось, что он поведения доброго, трудолюбивого. Настоятелем Екатерининской пустыни Пахомий был назначен 15 января 1760 года и на следующий день принял присягу о ревностном, неленостном, боголюбивом служении и радении о делах обители. В 1761 году иеромонах Пахомий серьезно заболел и 11 мая подал прошение о пострижении в схиму, оставленное без удовлетворения. При нем иждивением князя Дмитрия Юрьевича Трубецкого в соборном храме был устроен придел во имя прп. Дмитрия Ростовского, освященный 3 сентября 1763 года. Это было большой поддержкой братии, ибо пустынь, как и все русские обители, переживала тяжелый период, в результате реформы 1764 года была оставлена за штатом. В пустыни положено было иметь настоятеля в звании строителя и шесть монахов. Сослужить настоятелю в случае необходимости должны были белые священники.
В 1764-1765 годах строитель Пахомий с братией отстоял придел преподобного Сергия Радонежского от притязаний владельца села Суханово Александра Григорьевича Гурьева, который хотел превратить его в приходскую церковь для своих крестьян, полагая, что пустынь скоро упразднят. Настоятель в своем доношении в Консисторию писал, что «спорный» придел был устроен иждивением боярина Тихона Никитича Стрешнева около 70 лет назад «на помин души», а не для служения мирских треб. Его поддержал князь Д.Ю. Трубецкой. Сухановским крестьянам, которые ходили на богомолье в Екатерининскую пустынь, было предписано по-прежнему для мирских треб обращаться в церковь с. Ермолино.
Екатерининская пустынь, расположенная в лесах, подвергалась серьезным опасностям. В ночь с 7 на 8 мая 1766 года в обитель ворвались четверо солдат, дезертировавших из Воронежского полка, вышибли дверь в келью строителя, его самого пытали огнем, требуя денег, жестоко избили дубинками, остригли волосы и бороду. Пострадали от побоев разбойников также иеромонах Сергий, казначей Константин и работник Митрофан. Украдено было 250 рублей, в том числе 150 рублей казенных денег, и оловянная посуда весом 15 фунтов. Строитель-иеромонах Пахомий несколько дней был при смерти, поэтому донесение в Консисторию о разбое было составлено иеромонахом Сергием, также пережившем шок от нападения, и отправлено только 12 мая 1766 года. В связи с запозданием донесения на несколько дней задержать преступников по горячим следам не удалось. Учиненное следствие продолжалось около года. Поручиком Борзовым были тщательно допрошены все члены братии и работники монастыря, жители окрестных селений. Выявлен сообщник бандитов монах Сильвестр (в мире Иван Иванов), живший в монастыре с 1762 года. Виновник был заключен под стражу, лишен монашества и закован в кандалы. В бумагах далее он фигурировал как колодник Иванов. К сожалению, из дела не ясно, были пойманы в конце концов остальные разбойники или нет. Оправившись от травм, Пахомий продолжал благополучно руководить пустынью до января 1769 года, когда был уволен покой в кафедральный Чудов монастырь.
